Esta comisión es creada por el Decreto 33/982, de 27 de enero de 1982, y nace como respuesta a la inquietud del sector público y privado de asegurar el mejor nivel de la salud animal. 

La CONAHSA desde su creación (enero de 1982) ha venido participando de acuerdo a sus funciones de apoyo, colaboración y asesoramiento, en el combate de las principales enfermedades que afectan la pecuaria nacional: se le reconoce como un instrumento hábil para unir los esfuerzo públicos y privados en la ejecución de los programas o campañas sanitarias. A partir de marzo de 1991 (Decreto 155/991, de 13 de marzo de 1991), se revitaliza  la participación de la Comisión Nacional Honoraria de Salud Animal, se adecua su funcionamiento y se fomentan  las actividades de las Comisiones Departamentales de Salud Animal como eficaces colaboradores en la ejecución de las Campañas Sanitarias nacionales.